Море и мореплавание для абхазов с древнейших времен в военной, экономической и культурной жизни имели большое значение. Географическое положение, сложившиеся торгово-экономические отношения определяли на каждом историческом этапе необходимость развития портов. Сложившаяся за многие годы структура портов облегчала задачу современникам в выборе мест для постройки пристаней и причалов. И разумеется, именно поэтому Сухум, как столица и город с удобной бухтой, стал центром развития портового хозяйства Абхазии.
В 1846 году Сухум получил статус торгового порта, а в 1848 году – портового города. В 1861 году на Сухумском мысу был сооружен Сухумский маяк. Начались преобразования портового хозяйства, пароходными обществами, правительством строились металлические пристани.
К 1914 году в Сухуме действовали три агентства – «РОПиТ», располагавшееся в здании, в котором сейчас находится Абхазское морское пароходство, «РОСТРАНС», «Северное транспортное общество».
В 1925 году в Гагре, Гудауте, в Очамчыре были сооружены пристани.
В 1927 году началось строительство бетонного пирса в Сухуме.
В 1930 году создаются судоремонтные мастерские.
В 1964 году создан грузовой район с двумя портальными кранами грузоподъемностью 5 тонн, тем самым был решен вопрос в обеспечении города инертными материалами. В 1978 году началось строительство нового морского вокзала.
После завершения войны, 15 ноября 1993 г. постановлением Президиума Верховного Cовета Республики Абхазия было образовано ГК «Абхазское морское пароходство». В наследство компании достались практически полностью разрушенная инфраструктура портов и объекты обеспечения, дополнительные проблемы были вызваны санкциями, введенными после войны. В такой ситуации организация практически не имела возможности заниматься основным видом деятельности, что создавало еще больше трудностей в восстановлении разрушенного.
Несмотря на это, коллективу госкомпании во главе с первым руководителем Зауром Джотовичем Ардзинба удалось изыскать новые направления деятельности, что позволило приступить к восстановлению разрушенного войной хозяйства. Ценой больших усилий были восстановлены порты и портопункты, флот, коллектив пополнялся новыми специалистами, среди которых были опытные работники портов, молодые специалисты, значительное число ветеранов отечественной войны народа Абхазии 1992-1993 годов были обеспечены рабочими местами. Все это позволило в самый сложный для страны период разрухи и блокады сделать ГК «Абхазское морское пароходство» бюджетообразующей компанией, обеспечить бесперебойную поставку в страну стратегически необходимых товаров - топлива, продуктов питания и д.р. Созданы резервы ГСМ для нужд обороны, безопасности и органов государственного управления. На коллективе компании во главе с ее руководителем лежала огромная ответственность за стабильную работу единственного пути, связывавшего Абхазию с внешним миром. Благодаря слаженной работе коллектива это направление работает успешно по сей день.
Постепенно нарастив свои возможности Абхазское морское пароходство восстановило множество разрушенных объектов портовой инфраструктуры, были восстановлены и реконструированы Очамчырский и Сухумский грузовые порты, причалы портопунктов Гагра, Новый-Афон, Гудаута, нефтебаза, угольный терминал и многое другое. Флот и перегрузочные комплексы пополняются новой современной техникой.
Несмотря на многочисленные санкции со стороны западных стран, порты Республики Абхазия не только функционируют, соединяя морским сообщением Абхазию со многими странами, но и сделаны определённые шаги в восстановлении других направлений. В советский период черноморское побережье бороздили круизные лайнеры, которые один за одним заходили в Сухумский порт. ГК «Абхазское морское пароходство» в 2019 году подписало соглашение о возобновлении круизного сообщения между курортными городами РФ и РА. В декабре 2019 года состоялся первый тестовый рейс.
ГК «Абхазское морское пароходство» объединяет все порты, флот и сопутствующую инфраструктуру в Республике Абхазия, как единый государственный оператор. Время показало эффективность такого подхода, и сегодня все порты Республики Абхазия объединены в единую государственную структуру, обеспечивая бесперебойную работу морской составляющей транспортной системы республики.